如今很多企业都喜欢炫酷的报表效果，钟情于大数据可视化分析软件此类产品。但是仅仅一个可视化数据分析软件就够了吗？数据可视化完全等同于数据分析吗？讲到数据分析，作为一款现代全能的数据分析工具来说，仅仅好看是不够的，可视化数据分析软件的前端后端技术也很重要。

现如今数据可视化越来越流行，用商业智能来解决问题也越来越普及，但有时我们由此得到的可能是一个欺骗性的方案，为了避免这样问题的发生，我们就必须正确认识数据可视化与数据分析了。

重要的是区分两种类型的业务分析和智能工具：端到端解决方案和仅是前端的解决方案。端到端解决方案由平台后端组成，基本上是处理准备所有数据的工具和算法，以及创建数据可视化和仪表板报告的前端。

虽然人们喜欢看到其数据易于处理可视化，但只有这样的平台还不足以从企业的数据获得真正的见解。使用大数据可视化软件，从他们的名字可以想象其作用，人们没有所有的初始，背景阶段的准备和加入的数据。这意味着用户需要首先具有可以送入软件的数据，即预先制作的中央数据库。

当涉及企业需求时，这两种类型的软件之间的区别是显而易见的。人们需要明白的是，可视化虽然很重要，但不能成为强大的商业智能软件的唯一组件。

为了有效分析的目的，工作人员首先需要把所有的数据放在一个中心位置，希望能够更新和更改它，同时仍然能够使用相同的数据源。然而。如今为业务创建数据存储库不是那么简单。

可视化工具专注于报告数据而不是分析数据，因此它们只使用限制性平台来限制每个公式可以输入的聚合数。 使用端到端解决方案就可以避免这些繁琐的过程。

因此，大数据可视化分析软件不完全等同于数据分析，仅仅靠数据可视化是不够的，可以处理大量杂乱数据的健壮的后端对于大多数企业是至关重要的。

上篇已经介绍过了可视化大数据分析软件要掌握的6个核心技术的其中3个，这篇把剩下的3个继续介绍完。这些技术在某种程度上可以促进可视化大数据分析软件的技术更新，所以这也是本篇分享的目的所在。

1. 大数据存储与管理

总体上，按数据类型的不同，大数据的存储和管理采用不同的技术路线，大致可以分为3类。 第1类主要面对的是大规模的结构化数据。针对这类大数据，通常采用新型数据库集群。它们通过列存储或行列混合存储以及粗粒度索引等技术，结合MPP(Massive Parallel Processing)架构高效的分布式计算模式，实现对PB 量级数据的存储和管理。这类集群具有高性能和高扩展性特点，在企业分析类应用领域已获得广泛应用；

第2类主要面对的是半结构化和非结构化数据。应对这类应用场景，基于Hadoop开源体系的系统平台更为擅长。它们通过对Hadoop生态体系的技术扩展和封装，实现对半结构化和非结构化数据的存储和管理；

第3类面对的是结构化和非结构化混合的大数据，因此采用MPP 并行数据库集群与Hadoop 集群的混合来实现对百PB 量级、EB量级数据的存储和管理。

2. 大数据计算模式与系统

所谓大数据计算模式，即根据大数据的不同数据特征和计算特征，从多样性的大数据计算问题和需求中提炼并建立的各种高层抽象(abstraction)或模型(model)。例如，MapReduce 是一个并行计算抽象，加州大学伯克利分校著名的Spark系统中的“分布内存抽象RDD”，CMU 著名的图计算系统GraphLab 中的“图并行抽象”(Graph Parallel Abstraction)等。传统的并行计算方法，主要从体系结构和编程语言的层面定义了一些较为底层的并行计算抽象和模型，但由于大数据处理问题具有很多高层的数据特征和计算特征，因此大数据处理需要更多地结合这些高层特征考虑更为高层的计算模式。

根据大数据处理多样性的需求和以上不同的特征维度，目前出现了多种典型和重要的大数据计算模式。与这些计算模式相适应，出现了很多对应的大数据计算系统和工具。由于单纯描述计算模式比较抽象和空洞，因此在描述不同计算模式时，将同时给出相应的典型计算系统和工具，如表1所示，这将有助于对计算模式的理解以及对技术发展现状的把握，并进一步有利于在实际大数据处理应用中对合适的计算技术和系统工具的选择使用。

3. 大数据分析与可视化

在大数据分析的应用过程中，可视化通过交互式视觉表现的方式来帮助人们探索和理解复杂的数据。可视化与可视分析能够迅速和有效地简化与提炼数据流，帮助用户交互筛选大量的数据，有助于使用者更快更好地从复杂数据中得到新的发现，成为用户了解复杂数据、开展深入分析不可或缺的手段。大规模数据的可视化主要是基于并行算法设计的技术，合理利用有限的计算资源，高效地处理和分析特定数据集的特性。通常情况下，大规模数据可视化的技术会结合多分辨率表示等方法，以获得足够的互动性能。在科学大规模数据的并行可视化工作中，主要涉及数据流线化、任务并行化、管道并行化和数据并行化4 种基本技术。微软公司在其云计算平台Azure 上开发了大规模机器学习可视化平台(Azure Machine Learning)，将大数据分析任务形式为有向无环图并以数据流图的方式向用户展示，取得了比较好的效果

关于玩可视化大数据分析软件要掌握的6个核心技术，这里就介绍完毕了。其实这两篇似乎把大数据技术阐述得非常难的感觉，但其实，可视化大数据分析软件的使用并没有那么神乎其神，毕竟可视化大数据分析软件的发明是为了企业日常的数据化运营而产生的，所以不能太过于难用。

大数据技术与商业智能BI是相辅相成的，前面的文章就提到大数据技术可以帮助BI产品突破业务和技术的双挑战。可视化大数据分析软件在快速发展的市场环境中，迎来了越来越多的技术要求。这些核心技术成为大数据获取、存储、处理分析或可视化的有效手段，可以说是我们这些专注研究可视化大数据分析软件的工作人员需要去学习和了解的！

1大数据生命周期

底层是基础设施，涵盖计算资源、内存与存储和网络互联，具体表现为计算节点、集群、机柜和数据中心。在此之上是数据存储和管理，包括文件系统、数据库和类似YARN的资源管理系统。然后是计算处理层，如hadoop、MapReduce和Spark，以及在此之上的各种不同计算范式，如批处理、流处理和图计算等，包括衍生出编程模型的计算模型，如BSP、GAS 等。数据分析和可视化基于计算处理层。分析包括简单的查询分析、流分析以及更复杂的分析(如机器学习、图计算等)。查询分析多基于表结构和关系函数，流分析基于数据、事件流以及简单的统计分析，而复杂分析则基于更复杂的数据结构与方法，如图、矩阵、迭代计算和线性代数。一般意义的可视化是对分析结果的展示。但是通过交互式可视化，还可以探索性地提问，使分析获得新的线索，形成迭代的分析和可视化。基于大规模数据的实时交互可视化分析以及在这个过程中引入自动化的因素是目前研究的热点。

2.大数据技术生态

大数据的基本处理流程与传统数据处理流程并无太大差异，主要区别在于：由于大数据要处理大量、非结构化的数据，所以在各处理环节中都可以采用并行处理。目前，Hadoop、MapReduce和Spark等分布式处理方式已经成为大数据处理各环节的通用处理方法。

3.大数据采集与预处理

根据MapReduce产生数据的应用系统分类，大数据的采集主要有4种来源：管理信息系统、Web信息系统、物理信息系统、科学实验系统。对于不同的数据集，可能存在不同的结构和模式，如文件、XML 树、关系表等，表现为数据的异构性。对多个异构的数据集，需要做进一步集成处理或整合处理，将来自不同数据集的数据收集、整理、清洗、转换后，生成到一个新的数据集，为后续查询和分析处理提供统一的数据视图。

关于玩可视化大数据分析软件要掌握的6个核心技术就先介绍3个，下篇我们再继续。开发一款可视化大数据分析软件需要掌握很多大数据技术，这要求研发人员保持持续学习和更新的态度。这样才能生产出先进的BI产品。

大数据是什么？大数据处理分析的工具有哪些？不管是即将学习大数据的人亦或是转型向学大数据的人都想要了解的。

1，什么是大数据

简言之，从各种各样类型的数据中，快速获得有价值信息的能力，就是大数据技术。

2，大数据最核心的价值

大数据最核心的价值就是在于对于海量数据进行存储和分析。相比起现有的其他技术而言，大数据的“廉价、迅速、优化”这三方面的综合成本是最优的。

3，大数据处理分析的六大最好工具

一、 Apache Hadoop

Hadoop 是一个能够对大量数据进行分布式处理的软件框架。Hadoop 是可靠的，因为它假设计算元素和存储会失败，因此它维护多个工作数据副本，确保能够针对失败的节点重新分布处理。Hadoop 是高效的，因为它以并行的方式工作，通过并行处理加快处理速度。Hadoop 还是可伸缩的，能够处理 PB 级数据。此外，Hadoop 依赖于社区服务器，因此它的成本比较低，任何人都可以使用。

Hadoop是一个能够让用户轻松架构和使用的分布式计算平台。用户可以轻松地在Hadoop上开发和运行处理海量数据的应用程序。它主要有以下几个优点：

⒈高可靠性。Hadoop按位存储和处理数据的能力值得人们信赖。

⒉高扩展性。Hadoop是在可用的计算机集簇间分配数据并完成计算任务的，这些集簇可以方便地扩展到数以千计的节点中。

⒊高效性。Hadoop能够在节点之间动态地移动数据，并保证各个节点的动态平衡，因此处理速度非常快。

⒋高容错性。Hadoop能够自动保存数据的多个副本，并且能够自动将失败的任务重新分配。

Hadoop带有用 Java 语言编写的框架，因此运行在 Linux 生产平台上是非常理想的。Hadoop 上的应用程序也可以使用其他语言编写，比如 C++。

二、HPCC

HPCC，High Performance Computing and Communications(高性能计算与通信)的缩写。1993年，由美国科学、工程、技术联邦协调理事会向国会提交了“重大挑战项目：高性能计算与 通信”的报告，也就是被称为HPCC计划的报告，即美国总统科学战略项目，其目的是通过加强研究与开发解决一批重要的科学与技术挑战问题。HPCC是美国 实施信息高速公路而上实施的计划，该计划的实施将耗资百亿美元，其主要目标要达到：开发可扩展的计算系统及相关软件，以支持太位级网络传输性能，开发千兆 比特网络技术，扩展研究和教育机构及网络连接能力。

该项目主要由五部分组成：

1、高性能计算机系统(HPCS)，内容包括今后几代计算机系统的研究、系统设计工具、先进的典型系统及原有系统的评价等;

2、先进软件技术与算法(ASTA)，内容有巨大挑战问题的软件支撑、新算法设计、软件分支与工具、计算计算及高性能计算研究中心等;

3、国家科研与教育网格(NREN)，内容有中接站及10亿位级传输的研究与开发;

4、基本研究与人类资源(BRHR)，内容有基础研究、培训、教育及课程教材，被设计通过奖励调查者-开始的，长期 的调查在可升级的高性能计算中来增加创新意识流，通过提高教育和高性能的计算训练和通信来加大熟练的和训练有素的人员的联营，和来提供必需的基础架构来支 持这些调查和研究活动;

5、信息基础结构技术和应用(IITA )，目的在于保证美国在先进信息技术开发方面的领先地位。

三、Storm

Storm是自由的开源软件，一个分布式的、容错的实时计算系统。Storm可以非常可靠的处理庞大的数据流，用于处理Hadoop的批量数据。 Storm很简单，支持许多种编程语言，使用起来非常有趣。Storm由Twitter开源而来，其它知名的应用企业包括Groupon、淘宝、支付宝、阿里巴巴、乐元素、Admaster等等。

Storm有许多应用领域：实时分析、在线机器学习、不停顿的计算、分布式RPC(远过程调用协议，一种通过网络从远程计算机程序上请求服务)、 ETL(Extraction-Transformation-Loading的缩写，即数据抽取、转换和加载)等等。Storm的处理速度惊人：经测 试，每个节点每秒钟可以处理100万个数据元组。Storm是可扩展、容错，很容易设置和操作。

四、Apache Drill

为了帮助企业用户寻找更为有效、加快Hadoop数据查询的方法，Apache软件基金会近日发起了一项名为“Drill”的开源项目。Apache Drill 实现了 Google's Dremel.

据Hadoop厂商MapR Technologies公司产品经理Tomer Shiran介绍，“Drill”已经作为Apache孵化器项目来运作，将面向全球软件工程师持续推广。

该项目将会创建出开源版本的谷歌Dremel Hadoop工具(谷歌使用该工具来为Hadoop数据分析工具的互联网应用提速)。而“Drill”将有助于Hadoop用户实现更快查询海量数据集的目的。

“Drill”项目其实也是从谷歌的Dremel项目中获得灵感：该项目帮助谷歌实现海量数据集的分析处理，包括分析抓取Web文档、跟踪安装在Android Market上的应用程序数据、分析垃圾邮件、分析谷歌分布式构建系统上的测试结果等等。

通过开发“Drill”Apache开源项目，组织机构将有望建立Drill所属的API接口和灵活强大的体系架构，从而帮助支持广泛的数据源、数据格式和查询语言。

五、RapidMiner

RapidMiner是世界领先的数据挖掘解决方案，在一个非常大的程度上有着先进技术。它数据挖掘任务涉及范围广泛，包括各种数据艺术，能简化数据挖掘过程的设计和评价。

功能和特点

免费提供数据挖掘技术和库

100%用Java代码(可运行在操作系统)

数据挖掘过程简单，强大和直观

内部XML保证了标准化的格式来表示交换数据挖掘过程

可以用简单脚本语言自动进行大规模进程

多层次的数据视图，确保有效和透明的数据

图形用户界面的互动原型

命令行(批处理模式)自动大规模应用

Java API(应用编程接口)

简单的插件和推广机制

强大的可视化引擎，许多尖端的高维数据的可视化建模

400多个数据挖掘运营商支持

耶鲁大学已成功地应用在许多不同的应用领域，包括文本挖掘，多媒体挖掘，功能设计，数据流挖掘，集成开发的方法和分布式数据挖掘。

六、 Pentaho BI

Pentaho BI 平台不同于传统的BI 产品，它是一个以流程为中心的，面向解决方案(Solution)的框架。其目的在于将一系列企业级BI产品、开源软件、API等等组件集成起来，方便商务智能应用的开发。它的出现，使得一系列的面向商务智能的独立产品如Jfree、Quartz等等，能够集成在一起，构成一项项复杂的、完整的商务智能解决方案。

Pentaho BI 平台，Pentaho Open BI 套件的核心架构和基础，是以流程为中心的，因为其中枢控制器是一个工作流引擎。工作流引擎使用流程定义来定义在BI 平台上执行的商业智能流程。流程可以很容易的被定制，也可以添加新的流程。BI 平台包含组件和报表，用以分析这些流程的性能。目前，Pentaho的主要组成元素包括报表生成、分析、数据挖掘和工作流管理等等。这些组件通过 J2EE、WebService、SOAP、HTTP、Java、JavaScript、Portals等技术集成到Pentaho平台中来。 Pentaho的发行，主要以Pentaho SDK的形式进行。

Pentaho SDK共包含五个部分：Pentaho平台、Pentaho示例数据库、可独立运行的Pentaho平台、Pentaho解决方案示例和一个预先配制好的 Pentaho网络服务器。其中Pentaho平台是Pentaho平台最主要的部分，囊括了Pentaho平台源代码的主体;Pentaho数据库为 Pentaho平台的正常运行提供的数据服务，包括配置信息、Solution相关的信息等等，对于Pentaho平台来说它不是必须的，通过配置是可以用其它数据库服务取代的;可独立运行的Pentaho平台是Pentaho平台的独立运行模式的示例，它演示了如何使Pentaho平台在没有应用服务器支持的情况下独立运行;Pentaho解决方案示例是一个Eclipse工程，用来演示如何为Pentaho平台开发相关的商业智能解决方案。

Pentaho BI 平台构建于服务器，引擎和组件的基础之上。这些提供了系统的J2EE 服务器，安全，portal，工作流，规则引擎，图表，协作，内容管理，数据集成，分析和建模功能。这些组件的大部分是基于标准的，可使用其他产品替换之。

4. 大数据特点

第一，数据体量巨大。从TB级别，跃升到PB级别。

第二，数据类型繁多，如前文提到的网络日志、视频、图片、地理位置信息，等等。

第三，价值密度低。以视频为例，连续不间断监控过程中，可能有用的数据仅仅有一两秒。

第四，处理速度快。1秒定律。最后这一点也是和传统的数据挖掘技术有着本质的不同。物联网、云计算、移动互联网、车联网、手机、平板电脑、PC以及遍布地球各个角落的各种各样的传感器，无一不是数据来源或者承载的方式。

如果对于大数据还有更多的疑问，可以持续关注作者，也可以留言或者私信问题。

16S测序，也即是扩增子测序，因为其“短平快”、“物美价廉”的特点，目前可谓是科研工作者们最为喜闻乐见的高通量测序类型了。

由于其数据量很小，越来越多没有HPC的宝宝们都可以用小通量的服务器甚至是好的笔记本来自己作数据分析了。

也因此，扩增子的软件层出不穷，从集成的傻瓜式分析软件，到各种解决特定小问题的软件和小工具，林林总总上百种。这里就给大家盘点一些主流的软件和数据库，并稍作点评，欢迎补充、指正。

01

流程集成

1、QIIME

QIIME is an open-source bioinformatics pipeline for performing microbiome analysis from raw DNA sequencing data. QIIME includes demultiplexing and quality filtering, OTU picking, taxonomic assignment, and phylogenetic reconstruction, and persity analyses and visualizations.

最新版本：

QIIME2(2018年1月1日后QIIME1将不再支持和更新)

参考文献：PMID:20383131

下载地址：

https://bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

官网地址：

QIIME2: https://docs.qiime2.org/2017.8/

QIIME1: http://qiime.org/

流程示例地址：

https://docs.qiime2.org/2017.8/tutorials/moving-pictures/

2、Mothur

Mothur is currently the most cited bioinformatics tool for analyzing 16S rRNA gene sequences. Step inside the wiki and user forum and learn how you can use mothur to process data generated by Sanger, PacBio, IonTorrent, 454, and Illumina (MiSeq/HiSeq).

最新版本：Version 1.39.5

参考文献：PMID:19801464

https://github/mothur/mothur/releases/tag/v1.39.5

https://mothur.org/

https://mothur.org/wiki/MiSeq_SOP

3、Usearch

USEARCH is a unique sequence analysis tool with thousands of users world-wide, which combines many different algorithms into a single package with outstanding documentation and support.

最新版本：Version 10

参考文献：PMID:20709691

下载地址:

http://drive5/usearch/download.html

http://drive5/usearch/

4、FunGene

Functional Gene Pipeline Scripts contains a set of python scripts that allows to run one or more inpidual tools offered by RDP FunGene Pipeline. These tools are offered a modular fashion allowing researchers to choose the appropriate subset based on their needs.

最新版本：Version 9.3

参考文献：PMID:24101916

http://fungene.cme.msu.edu/

http://fungene.cme.msu.edu/FunGenePipeline/

5、SILVAngs

SILVAngs is a data analysis service for ribosomal RNA gene (rDNA) amplicon reads from high-throughput sequencing approaches based on an automatic software pipeline. It uses the SILVA rDNA databases, taxonomies, and alignments as a reference. It facilitates the classification of rDNA reads and provides a wealth of results (tables, graphs and sequence files) for download.

参考文献：PMID:23193283

https://arb-silva.de/ngs/

https://arbsilva.de/ngs/#demo:

老司机点评：在扩增子数据分析中，分析点相对成熟，软件繁多，盘点下来不止百种。一一安装又浪费资源又浪费时间，打包了多种软件的流程式软件备受青睐。这其中最为有名的便是QIIME和Mothur, 基本上可能用到的分析点大多都打包进去了。老牌聚类软件usearch不落人后，也将数据前处理、OTU聚类、物种注释、多样性分析等一并打包进去，虽则不像qiime中花样繁多，基本上的分析也够了，唯一可惜的是64位版本收费。一些数据库如RDP和SILVA等也纷纷动作，如SILVAngs的在线分析平台，FunGene的功能基因分析流程，RDP自己的rdpipeline（http://pyro.cme.msu.edu/）等，这里不一一列举。

02

数据质控

1、FastQC

A quality control tool for high throughput sequence data.

最新版本：Version 0.11.5

参考文献：PMID:22312429

https://bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

2、Trimmomatic

A flexible trimmer for Illumina Sequence Data

最新版本：Version 0.36

参考文献：PMID:24695404

http://usadellab.org/cms/?page=trimmomatic

3、QIIME split_libraries_fastq.py

软件地址：http://qiime.org/

命令使用说明：

http://qiime.org/scripts/split_libraries_fastq.html

老司机点评：扩增子的数据质控在分析的好几个地方都会用到，从原始数据下机，先要经历质控的环节，序列首先截掉接头、barcode、引物，做个质量评价和过滤，根据 PE reads的overlap拼接在一起，然后还要经历拼接后序列的质控，去除低质量、读N、过段序列，然后才能用于后续的聚类和注释分析。这里把质控的部分都放到一块来写。FastQC这个软件在《NGS数据格式演化简史》里面介绍过，基本上是原始数据质控的标配了。Trimmomatic是一个划动窗口的过滤和截断软件，对illumina这种序列尾部质量显著下降的很有用。拼接后序列的过滤在QIIME中有自编脚本，可调用执行。

03

Reads拼接

1、FLASH

A very fast and accurate software tool to merge paired-end reads from NGS experiments.

最新版本：Version 1.2.11

参考文献：PMID:21903629

https://sourceforge/projects/flashpage/files/

https://ccb.jhu.edu/software/FLASH/

2、PEAR

An ultrafast, memory-efficient and highly accurate pair-end read merger. It is fully parallelized and can run with as low as just a few kilobytes of memory.

最新版本：Version 0.9.8

参考文献：PMID: 24142950

https://sco.hits.org/exelixis/web/software/pear/downloads.html

https://sco.hits.org/exelixis/web/software/pear/

3、PANDAseq

PANDAseq assembles paired-end reads rapidly and with the correction of most errors. Uncertain error corrections come from reads with many low-quality bases identified by upstream processing.

最新版本：Version 2.11

参考文献：PMID:22333067

https://github/neufeld/pandaseq/releases/tag/v2.11

http://neufeldserver.uwaterloo.ca/~apmasell/pandaseq_man1.html

4、fastq-jion

Command-line tools for processing biological sequencing data

参考文献：

https://github/ExpressionAnalysis/ea-utils/blob/wiki/FastqJoin.md

老司机点评：目前最为主流的拼接软件仍为flash，但如果扩增片段过长或过短时，flash拼接效果可能不尽如人意，针对这些情况用pear或pandaseq拼接可能会有惊喜。

fastq-join是打包在qiime中的拼接软件，在qiime中运行join_paired_ends.py默认调用fastq-join，可选其他软件如SeqPrep（https://github/jstjohn/SeqPrep），后者目前还比较少在文献中出现，运算速度上这两个软件还是不错的。

04

嵌合体去除

1、DECIPHER

DECIPHER is a software toolset that can be used for deciphering and managing biological sequences efficiently using the R programming language. DECIPHER's Find Chimeras web tool can be used to uncover chimeras hidden in 16S rRNA sequences.

最新版本：Version 2.2.0

参考文献：PMID:22101057

http://decipher.cee.wisc.edu/Download.html

官网地址:

http://decipher.cee.wisc.edu/index.html

2、ChimeraSlayer

ChimeraSlayer uses BLAST to identify potential chimera parents and computes the optimal branching alignment of the query against two parents. An input with the pynast aligned representative sequences is suggested.

参考文献：PMID:21212162

https://sourceforge/projects/microbiomeutil/files/

http://microbiomeutil.sourceforge/#A_CS

3、VSEARCH

VSEARCH supports de novo and reference based chimera detection, clustering, full-length and prefix dereplication, rereplication, reverse complementation, masking, all-vs-all pairwise global alignment, exact and global alignment searching, shuffling, subsampling and sorting. It also supports FASTQ file analysis, filtering, conversion and merging of paired-end reads.

最新版本：Version 2.4.4

参考文献：PMID: 27781170

https://github/torognes/vsearch/releases

https://github/torognes/vsearch

4、UCHIME2

UCHIME2 and UCHIME are algorithms for detecting chimeric sequences.

最新版本：Version 4.2

doi: https://doi.org/10.1101/074252

http://drive5/uchime/uchime_download.html

http://drive5/usearch/manual/uchime_algo.html

5、usearch61

usearch61 performs both de novo (abundance based) chimera and reference based detection. With usearch61, unclustered sequences should be used as input rather than a representative sequence set, as these sequences need to be clustered to get abundance data.

http://drive5/usearch/usearch_docs.html

老司机点评：嵌合体的去除主要是de novo和基于参考库两种方法，结合了两种方法的usearch61被打包在qiime中（identify_chimeric_seqs.py），是目前主流的方法之一。但是注意，上面说到过，usearch的64位版本是收费的！前几年专门用uchime去嵌合体也应用较多，但现在官网上已指出不推荐单独安装uchime，推荐直接下载usearch。VSEARCH是作为替代usearch的开源软件推出的，与usearch运算速度不分上下，是mothur中嵌合体去除和聚类的推荐方法，建议大家可以试试。ChimeraSlayer运算速度较慢，DECIPHER已经在uchime官网里被吊打，这里不做推荐。

05

OTU聚类

1、UCLUST

UCLUST creates “seeds” of sequences which generate clusters based on percent identity. Uclust_ref, as uclust, but takes a reference database to use as seeds. New clusters can be toggled on or off.

http://drive5/uclust/downloads1_2_22q.html

https://drive5/usearch/manual/uclust_algo.html

2、Uparse

UPARSE is a method for generating clusters (OTUs) from next-generation sequencing reads of marker genes such as 16S rRNA, the fungal ITS region and the COI gene.

参考文献：PMID:23955772

http://drive5/usearch/manual/cmd_cluster_otus.html

https://drive5/uparse/

3、CD-HIT

CD-HIT is a very widely used clustering program, which applies a “longest-sequence-first list removal algorithm” to cluster sequences.

最新版本：Version 4.6.8

参考文献：PMID:23060610

https://github/weizhongli/cdhit/releases

http://weizhongli-lab.org/cd-hit/

4、Mothur

For the Mothur method, the clustering algorithm may be specified as nearest-neighbor, furthest-neighbor, or average-neighbor. The default algorithm is furthest-neighbor.

详见第一部分介绍

5、Oclust

A pipeline for clustering long 16S rRNA sequencing reads, or any sequences, into OTUs.

参考文献：PMID: 26434730

https://github/oscar-franzen/oclust/

https://omictools/oclust-tool

老司机点评：OTUs聚类的方法有非常多，主要分为启发式算法和层次聚类算法两种，前者有uparse、uclust、CD-HIT等，后者如mothur和oclust等。从应用情况来看，目前主流上的聚类软件还是以uparse、uclust、mothur几种为主。上面提到的软件，大多都有打包在qiime中，默认聚类软件是uclust（pick_otus.py）。最后列出的Oclust主打基于三代Pacbio长序列的聚类，鉴于目前二代测序独领风骚的局面，目前应用尚且较少。

06

物种注释

1、Greengenes

A 16S rRNA gene database addresses limitations of public repositories by providing chimera screening, standard alignment, and taxonomic classification using multiple published taxonomies.

最新版本：Version 13.5

参考文献：PMID: 16820507

http://greengenes.secondgenome/downloads/database/13_5

http://greengenes.secondgenome/

2、Silva

SILVA provides comprehensive, quality checked and regularly updated datasets of aligned small (16S/18S, SSU) and large subunit (23S/28S, LSU) ribosomal RNA (rRNA) sequences for all three domains of life (Bacteria, Archaea and Eukarya).

最新版本：SILVA 128

https://arbsilva.de/documentation/release-128/

https://arb-silva.de/

3、RDP

RDP provides quality-controlled, aligned and annotated Bacterial and Archaeal 16S rRNA sequences, and Fungal 28S rRNA sequences, and a suite of analysis tools to the scientific community.

最新版本：Version 11.5

参考文献：PMID: 24288368

http://rdp.cme.msu.edu/misc/rel10info.jsp

http://rdp.cme.msu.edu/index.jsp

4、Unite

UNITE is a user-friendly Nordic ITS Ectomycorrhiza Database designed to provide a stable and reliable platform for sequence-borne identification of ectomycorrhizal asco- and basidiomycetes, including only high-quality sequences of well identified fungi.

最新版本：Version 7.2

参考文献：PMID:15869663

下载地址：https://unite.ut.ee/repository.php

官网地址：https://unite.ut.ee/

5、FunGene

参考文献：PMID: 24101916

官网地址：http://fungene.cme.msu.edu/

老司机点评：扩增子分析中，16S序列注释以Greegene、Silva和 RDP为主，早期Greegene用的最多，当然这与打包在QIIME中密不可分，2013年5月后就一直没有更新，做分析的童鞋纷纷转去用Silva注释，Silva基本上每年还是都有更新的，好玩的是，后面我们会讲到两个比较有名的功能预测软件，PICRUSt需要与Greengene配合使用，Tax4fun推荐与Silva配合使用。另外，真菌ITS注释主要还是应用Unite数据库。功能基因早期用NT库注释效果惨不忍睹，近几年Fungene不断完善，基本上是功能基因扩增子测序物种注释的不二选择了。

07

序列比对

1、PyNAST

PyNAST is a reimplementation of the NAST sequence aligner, which has become a popular tool for adding new 16s rRNA sequences to existing 16s rRNA alignments.

最新版本：PyNAST 1.0

参考文献：PMID: 19914921

http://biocore.github.io/pynast/install.html

http://biocore.github.io/pynast/

2、Muscle

MUSCLE is an alignment method which stands for MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation. On average, MUSCLE is cited by ten new papers every day.

最新版本：Version 3.8.31

参考文献：PMID:15034147

http://drive5/muscle/downloads.htm

http://drive5/muscle/

3、Mafft

MAFFT is a multiple sequence alignment program for unix-like operating systems. It offers a range of multiple alignment methods, L-INS-i (accurate; for alignment of <200 sequences), FFT-NS-2 (fast; for alignment of <30,000 sequences), etc.

最新版本：Version 7.310<...

如今，大数据日益成为研究行业的重要研究目标。面对其高数据量、多维度与异构化的特点，以及分析方法思路的扩展，传统统计工具已经难以应对。

工欲善其事，必先利其器。众多新的软件分析工具作为深入大数据洞察研究的重要助力， 也成为数据科学家所必须掌握的知识技能。

然而，现实情况的复杂性决定了并不存在解决一切问题的终极工具。实际研究过程中，需要根据实际情况灵活选择最合适的工具(甚至多种工具组合使用)，才能更好的完成研究探索。

为此，本文针对研究人员(非技术人员)的实际情况，介绍当前大数据研究涉及的一些主要工具软件(因为相关软件众多，只介绍常用的)，并进一步阐述其应用特点和适合的场景，以便于研究人员能有的放矢的学习和使用。

-基础篇-

01 传统分析/商业统计

Excel、SPSS、SAS 这三者对于研究人员而言并不陌生。

Excel作为电子表格软件，适合简单统计(分组/求和等)需求，由于其方便好用，功能也能满足很多场景需要，所以实际成为研究人员最常用的软件工具。其缺点在于功能单一，且可处理数据规模小(这一点让很多研究人员尤为头疼)。这两年Excel在大数据方面(如地理可视化和网络关系分析)上也作出了一些增强，但应用能力有限。

SPSS(SPSS Statistics)和SAS作为商业统计软件，提供研究常用的经典统计分析(如回归、方差、因子、多变量分析等)处理。SPSS轻量、易于使用，但功能相对较少，适合常规基本统计分析

SAS功能丰富而强大(包括绘图能力)，且支持编程扩展其分析能力，适合复杂与高要求的统计性分析。

上述三个软件在面对大数据环境出现了各种不适，具体不再赘述。但这并不代表其没有使用价值。如果使用传统研究方法论分析大数据时，海量原始数据资源经过前期处理(如降维和统计汇总等)得到的中间研究结果，就很适合使用它们进行进一步研究。

02 数据挖掘

数据挖掘作为大数据应用的重要领域，在传统统计分析基础上，更强调提供机器学习的方法，关注高维空间下复杂数据关联关系和推演能力。代表是SPSS Modeler(注意不是SPSS Statistics，其前身为Clementine)

SPSS Modeler的统计功能相对有限, 主要是提供面向商业挖掘的机器学习算法(决策树、神经元网络、分类、聚类和预测等)的实现。同时，其数据预处理和结果辅助分析方面也相当方便，这一点尤其适合商业环境下的快速挖掘。不过就处理能力而言，实际感觉难以应对亿级以上的数据规模。

另一个商业软件 Matlab也能提供大量数据挖掘的算法，但其特性更关注科学与工程计算领域。而著名的开源数据挖掘软件Weka，功能较少，且数据预处理和结果分析也比较麻烦，更适合学术界或有数据预处理能力的使用者。

-中级篇-

01 通用大数据可视化分析

近两年来出现了许多面向大数据、具备可视化能力的分析工具，在商业研究领域，TableAU无疑是卓越代表。

TableAU的优势主要在于支持多种大数据源/格式，众多的可视化图表类型，加上拖拽式的使用方式，上手快，非常适合研究员使用，能够涵盖大部分分析研究的场景。不过要注意，其并不能提供经典统计和机器学习算法支持， 因此其可以替代Excel, 但不能代替统计和数据挖掘软件。另外，就实际处理速度而言，感觉面对较大数据(实例超过3000万记录)时，并没有官方介绍的那么迅速。

02 关系分析

关系分析是大数据环境下的一个新的分析热点(比如信息传播图、社交关系网等)，其本质计算的是点之间的关联关系。相关工具中，适合数据研究人员的是一些可视化的轻量桌面型工具，最常用的是Gephi。

Gephi是免费软件，擅长解决图网络分析的很多需求，其插件众多，功能强且易用。我们经常看到的各种社交关系/传播谱图, 很多都是基于其力导向图(Force directed graph)功能生成。

但由于其由java编写，限制了处理性能(感觉处理超过10万节点/边时常陷入假死)，如分析百万级节点(如微博热点传播路径)关系时，需先做平滑和剪枝处理。 而要处理更大规模(如亿级以上)的关系网络(如社交网络关系)数据，则需要专门的图关系数据库(如GraphLab/GraphX)来支撑了，其技术要求较高，此处不再介绍。

03 时空数据分析

当前很多软件(包括TableAU)都提供了时空数据的可视化分析功能。但就使用感受来看，其大都只适合较小规模(万级)的可视化展示分析，很少支持不同粒度的快速聚合探索。

如果要分析千万级以上的时空数据，比如新浪微博上亿用户发文的时间与地理分布(从省到街道多级粒度的探索)时，推荐使用 NanoCubes(http://nanocubes/)。该开源软件可在日常的办公电脑上提供对亿级时空数据的快速展示和多级实时钻取探索分析。下图是对芝加哥犯罪时间地点的分析，网站有更多的实时分析的演示例子。

04 文本/非结构化分析

基于自然语言处理(NLP)的文本分析，在非结构化内容(如互联网/社交媒体/电商评论)大数据的分析方面(甚至调研开放题结果分析)有重要用途。其应用处理涉及分词、特征抽取、情感分析、多主题模型等众多内容。

由于实现难度与领域差异，当前市面上只有一些开源函数包或者云API(如BosonNLP)提供一些基础处理功能，尚未看到适合商业研究分析中文文本的集成化工具软件(如果有谁知道烦请通知我)。在这种情况下，各商业公司(如HCR)主要依靠内部技术实力自主研发适合业务所需的分析功能。

-高级篇-

前面介绍的各种大数据分析工具，可应对的数据都在亿级以下，也以结构化数据为主。当实际面临以下要求： 亿级以上/半实时性处理/非标准化复杂需求，通常就需要借助编程(甚至借助于Hadoop/Spark等分布式计算框架)来完成相关的分析。 如果能掌握相关的编程语言能力，那研究员的分析能力将如虎添翼。

当前适合大数据处理的编程语言，包括：前面的内容介绍了面向大数据研究的不同工具软件/语言的特点和适用场景。 这些工具能够极大增强研究员在大数据环境下的分析能力，但更重要的是研究员要发挥自身对业务的深入理解，从数据结果中洞察发现有深度的结果，这才是最有价值的。

End.

来源：网络大数据

　考虑到现有技术解决方案的复杂性与多样化，企业往往很难找到适合自己的大数据收集与分析工具。然而，混乱的时局之下已经有多种方案脱颖而出，证明其能够帮助大家切实完成大数据分析类工作。下面我们将整理出一份包含十款工具的清单，从而有效压缩选择范畴。

　　数据已经成为现代化企业中最为重要的宝贵资源。一切决策、策略或者方法都需要依托于对数据的分析方可实现。随着“大数据分析”逐步替代其上代版本，即“商务智能”，企业正面临着一个更加复杂、且商业情报规模更为庞大的新时代。

　　考虑到现有技术解决方案的复杂性与多样化，企业往往很难找到适合自己的大数据收集与分析工具。然而，混乱的时局之下已经有多种方案脱颖而出，证明其能够帮助大家切实完成大数据分析类工作。下面我们将整理出一份包含十款工具的清单，从而有效压缩选择范畴。

　　1. OpenRefine

　　这是一款高人气数据分析工具，适用于各类与分析相关的任务。这意味着即使大家拥有多川不同数据类型及名称，这款工具亦能够利用其强大的聚类算法完成条目分组。在聚类完成后，分析即可开始。

　　2.hadoop

　　大数据与Hadoop可谓密不可分。这套软件库兼框架能够利用简单的编程模型将大规模数据集分发于计算机集群当中。其尤为擅长处理大规模数据并使其可用于本地设备当中。作为Hadoop的开发方，Apache亦在不断强化这款工具以提升其实际效果。

　　3. Storm

　　同样来自Apache的Storm是另一款伟大的实时计算系统，能够极大强化无限数据流的处理效果。其亦可用于执行多种其它与大数据相关的任务，具体包括分布式RPC、持续处理、在线机器学习以及实时分析等等。使用Storm的另一大优势在于，其整合了大量其它技术，从而进一步降低大数据处理的复杂性。

　　4. Plotly

　　这是一款数据可视化工具，可兼容JavaScript、MATLAB、Python以及R等语言。Plotly甚至能够帮助不具备代码编写技能或者时间的用户完成动态可视化处理。这款工具常由新一代数据科学家使用，因为其属于一款业务开发平台且能够快速完成大规模数据的理解与分析。

　　5. Rapidminer

　　作为另一款大数据处理必要工具，Rapidminer属于一套开源数据科学平台，且通过可视化编程机制发挥作用。其功能包括对模型进行修改、分析与创建，且能够快速将结果整合至业务流程当中。Rapidminer目前备受瞩目，且已经成为众多知名数据科学家心目中的可靠工具。

　　6. Cassandra

　　Apache Cassandra 是另一款值得关注的工具，因为其能够有效且高效地对大规模数据加以管理。它属于一套可扩展NoSQL数据库，能够监控多座数据中心内的数据并已经在Netflix及eBay等知名企业当中效力。

　　7. Hadoop MapReduce

　　这是一套软件框架，允许用户利用其编写出以可靠方式并发处理大规模数据的应用。MapReduce应用主要负责完成两项任务，即映射与规约，并由此提供多种数据处理结果。这款工具最初由谷歌公司开发完成。

　　8. Bokeh

　　这套可视化框架的主要目标在于提供精致且简洁的图形处理结果，用以强化大规模数据流的交互能力。其专门供Python语言使用。

　　9. Wolfram Alpha

　　这是一套搜索引擎，旨在帮助用户搜索其需要的计算素材或者其它内容。举例来说，如果大家输入“Facebook”，即可获得与Facebook相关的HTML元素结构、输入解释、Web托管信息、网络统计、子域、Alexa预估以及网页信息等大量内容。

　　10. Neo4j

　　其官方网站将这款工具称为图形数据库技术的下一场革命。这种说法在一定程度上并不夸张，因为此套数据库使用数据间的关系以操作并强化性能表现。Neo4j目前已经由众多企业用于利用数据关系实现智能应用，从而帮助自身保持市场竞争优势。

End.

如果对软件测试感兴趣，想了解更多的软件测试知识，请大家关注“51Testing软件测试网”百家号。

大家都知道，选购可视化大数据分析软件就是为了通过数字化运营来促进收益。一款出色的可视化分析软件会将各个指标的数据都分析到位，帮助领导做出良好正确的决策。然而，不是所有可视化大数据分析软件都能发挥该发挥的作用。其实，在使用可视化大数据分析软件的过程中，学会几招重要技巧，可以帮助最大程度发挥可视化分析软件的功能。

采用动态报告

当企业需要实施商业智能解决方案时您应该考虑动态报告。动态报告可以随意创建，操作和修改。

它们旨在为企业提供想要的信息。企业可以通过添加、过滤，以及更改信息来控制如何查看数据。

当企业使用动态报告分析销售指标时，可以按地区，产品或客户细分信息。简而言之，动态报告是直接而直观的。静态分析报告无法提供其相同的灵活性。一旦建立了静态报告，就不能改变其基本结构。

对于像提交月度报告和季度报告，这可能没有问题，但是，企业将无法深入分析数据。

自助式商业智能

在数据分析方面，传统上只有专家能够理解复杂的报告。而另一方面，商业智能使数据分析更加简单。现在任何级别的用户都可以随时轻松访问数据。这就是为什么自助式商业智能越来越受欢迎的原因。它允许人们使用商业智能解决方案来实时研究数据，并自行构建准确的可视化报告。

选择自助式可视化大数据分析软件，将为企业的工作人员提供易用性。

移动商业智能

一个良好的商业智能解决方案应该让用户随时随地访问信息。移动应用的增长和智能手机的能力已经导致移动商业智能(Mobile BI)的兴起。

根据阿伯丁集团的数据，使用移动商业智能的公司比没有采用的公司有更多的时间获得商业数据。这是一个竞争优势，因为能够做出明智的商业决策。

行业的认可

企业应该检查自己正在考虑的商业智能提供商是否具有良好的信誉。 包括业务价值，客户满意度，以及供应商支持。

着眼未来

对商业智能解决方案的投资是企业对其业务未来的投资。如果企业选择一个正在向前发展的供应商，其业务也将向前发展。

以上就是一款出色的可视化大数据分析软件该具备的几个被人忽视的功能。好好掌握这几招，将对你的企业决策有一定的帮助。

　　【IT168 技术】本文推荐一些免费的预测分析软件，它们主要用于分析统计使用，机器学习和数据挖掘来寻找关于客户行为，市场趋势和原始数据集中其他领域的线索的相关性和模式。其中一些预测建模解决方案可通过许可，免费获得开源或社区版本;其中一些预测分析软件是商业版本的免费版或社区版，但提供的功能较少。

　　什么是预测分析软件?

　　预测分析是高级分析的一个分支，用于对未来未知事件进行预测。预测分析使用数据挖掘，统计，建模，机器学习和人工智能等多种技术来分析当前数据，以预测未来!那么下面将为大家简单介绍一下以下的20多款工具!

　　1.R Software Environment

　　R是用于统计计算和图形的免费软件，可运行在各种UNIX，Windows和Mac OS平台上。R提供了广泛的统计功能，如线性，非线性建模，经典统计测试，时间序列分析，分类，聚类和图形技术。它也是高度可扩展的，提供数据操作，计算和图形显示，数据处理，数组计算，数据分析工具，包括条件，循环和许多其他功能的编程语言。语言主要用于统计方法论的研究，R为它们提供了一个开源的途径，可以在R中产生精心设计的质量图，包括数学符号和公式。

　　2.Dataiku

　　Dataiku Data Studio(DSS)是一个软件平台，汇总了从原始数据到生产应用程序所需的所有步骤和大数据工具。DSS分析数据通过简单的界面操作，即可找到数据中的相关性和重要变量，并测试最佳拟合模型。DSS还可以将模型和预测值发布到各种其他目的地，例如ElasticSearch，FTP服务器和内部数据仓库。

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　　3.Orange Data mining

　　Orange Data mining是一个开源的数据可视化和分析工具。数据挖掘是通过可视化编程或通过Python脚本完成的。Orange会记住这些选择，提供最常用的组合，并智能地选择要使用的小部件之间的通信通道。可以利用情节，条形图，树状图，网络和热图来进行可视化。有机器学习的组件，可用于生物信息学和文本挖掘。该解决方案包含了用于数据分析的功能，并且在Orange中有超过100个小部件。

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　　4.RapidMiner

　　RapidMiner可作为数据分析的独立应用程序使用，也可作为集成到专有产品中的数据挖掘引擎。RapidMiner提供数据挖掘和机器学习程序，包括数据加载和转换，数据预处理，可视化，建模，评估和部署。RapidMiner是用Java编程语言编写的。它采用的学习计划和归属来自于Weka的机器学习环境，统计建模方案来自R Project。可用于文本挖掘，多媒体挖掘，功能设计，数据流挖掘的集成方法的发展，以及分布式数据挖掘。

　　RapidMiner v6.0仍然是开源的。RapidMiner的最新版本现在仅作为试用版或商业许可证提供。

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　　5.Anaconda

　　Anaconda是一个由Python支持的开放式数据科学平台。 Anaconda的开源版本是Python和R的高性能版本，包括超过100种用于数据科学的最受欢迎的Python，R和Scala软件包。还可以访问超过720个软件包，可以使用包含在Anaconda中的conda，包，从属关系等。

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　　6.KNIME

　　KNIME桌面版是开源的，是用户友好的数据访问，数据转换，初步调查，预测分析，可视化和报告的图形工作台。开放的集成平台提供了1000多个模块或节点。KNIME还提供了基于数据信息开发报告的能力，并将新见解的应用自动化回到生产系统。KNIME产品有KNIME Desktop，KNIME Professional，KNIME Team Space，KNIME Server和KNIME Cluster Execution。 KNIME Desktop可以自由下载到桌面。基于Eclipse平台的，并且有双重许可证。非开源产品中的功能包括共享存储库，身份验证，远程执行，调度，SOA集成和Web用户界面。

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　　7.DMWay

　　DMWay使得预测分析更易于获取并且价格合理。DMWay解决方案允许用户在几个小时或几天而不是几个月的时间内建立更好的预测模型，这可以适应任何行业。DMWay分析引擎可以提供最高级别的建模。分析引擎设计用于模拟经验丰富的数据科学家采取的步骤，以建立准确有效的分析模型。DMWay评分引擎是建议企业寻求协助部署由分析引擎提供的预测分析结果的工具。

　　这个创新的解决方案是通过使用专家系统方法而不是“机器人”方法来实现的，模仿有经验的数据科学家关于构建大规模预测模型的方式。DMWay评分引擎是为企业寻求协助部署由分析引擎提供的预测分析结果而推荐的工具。

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　　8.HP Haven Predictive Analytics

　　HP Distributed R是R语言的开源，可扩展和高性能平台，可加速大规模机器学习，统计分析和图形处理。Haven Predictive Analytics为HP Vertica提供数据加速和原生SQL支持。与市场领先的列式MPP数据库的本地集成将总体数据访问性能提高了5倍，并提供了一整套经过验证的开箱即用的并行算法，以成熟的标准R算法生成准确一致的结果。是预测分析免费，完全兼容开源R语言和工具，并得到惠普企业的支持，并按每个节点定价。HP Haven Predictive Analytics由HP Vertica和Distributed R提供支持。Distributed R是基于与HP Labs开发的开放源代码R语言的高性能分析引擎，可满足要求最苛刻的大数据预测分析任务。分布式R提高了性能，并允许用户分析比以前流行的R统计编程语言更大的数据集。

　　9.GraphLab Create

　　GraphLab Create是一个为开发人员和数据科学家构建的机器学习平台，具有函数式编程技巧和对数据科学的一些基本理解。能够轻松地实现从想法到生产的原型和规模。示例服务包括推荐系统，欺诈检测或客户流失预测器。开发人员和数据科学家能够快速部署并轻松与其他应用程序集成。Discover版本提供免费的开发者许可证，并提供社区论坛支持。

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　　10.Lavastorm分析引擎

　　Lavastorm分析引擎公开版是一个易于使用，成本效益的工具，用于临时发现和业务分析。公开版对于希望将分析处理能力放在桌面上的用户非常理想，而且不需要大型数据处理能力，提供自动持续分析和协作功能。Lavastorm是一种可视化的数据发现解决方案，可以让你快速整合不同的数据，轻松发现洞察，并持续检测异常，异常值或模式。它为企业用户提供自助服务能力，为IT用户提供集成，分析和业务控制领域的快速开发能力。其功能包括从任何来源(包括大数据源)获取，转换，合并和丰富数据，而不需要大量建模，预先规划或用脚本。可检测数据问题，如完整性，格式不一致，准确性，自动化评估和清理流程。

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　　11.Actian Vector Express

　　Actian Analytics Platform(Express Hadoop SQL Edition)是Hadoop内部运行100%的免费社区版的端到端分析平台。Actian分析平台将Hadoop转变为一个高性能的分析平台，使企业能够通过分析来自多个来源的数据而无需采样，从而提高预测和决策的准确性。Actian Express，Hadoop SQL Edition使用现有的Hadoop集群提供高速和性价比。Actian Vector Express是Actian分析平台的免费社区版本，旨在提供快速简单的方法来提高分析的性能。它建立在基于矢量的分析数据库基础之上，Actian Express提供很好的性能和性价比，并且需要更少的硬件，几乎不需要调整。Actian Vector Express包括以下功能：分析工作台 - 快速构建可视工作流程准备，转换和分析数据，分析数据库 - 在几秒钟内运行复杂的查询反对数十亿条记录和管理控制台。

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　　12.Scikit-learn

　　scikit-learn是简单高效的数据挖掘和数据分析工具。它是Python中的机器学习库，建立在NumPy，SciPy和matplotlib之上，它也是开源的。其特点包括分类，回归，聚类，降维，模型选择和预处理。

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　　13.微软R

　　R是强大的，用于统计计算，机器学习和图形的首选编程语言，并得到用户，开发者的繁荣的社区支持。R家族包括，服务器，客户端，SQL Server等服务。支持各种大数据统计，预测建模和机器学习功能，R Server支持基于开源R的全方位的分析探索，分析，可视化和建模。Microsoft R客户端是免费的社区支持。

　　14.H2O.ai

　　H2O是一个开源的预测分析平台。H2O用户可以轻松地从微软Excel和RStudio中探索和建模大数据，并将其与来自HDFS，S3，SQL和NoSQL数据源的数据连接起来。H2O讲述了数据科学的语言，支持R，Python，Scala，Java和强大的REST API。业务应用程序由H2O的NanoFastTM评分引擎提供支持。包括：分布式算法和回归树，如GBM，随机森林(RF)，广义线性模型(GLM)，k-均值和主成分分析(PCA)。

　　15.Weka Data Mining

　　Weka是用于数据挖掘任务的机器学习算法的集合。算法可以直接应用于数据集，也可以从Java代码调用。Weka包含用于数据处理，分类，回归，聚类，关联规则和可视化的工具。它也非常适合开发新的机器学习方案。 Weka是用Java编写的，由新西兰怀卡托大学开发。

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　　16.Apache Spark

　　Apache Spark是用于大规模数据处理的快速且通用的引擎。Spark需要一个集群管理器和一个分布式存储系统。对于集群管理，Spark支持独立(本地Spark集群)，Hadoop YARN或Apache Mesos。对于分布式存储，Spark能与各种各样的，包括Hadoop分布式文件系统(HDFS)，MAPRA文件系统(FS-MAPRA)，Cassandra，OpenStack Swift，亚马逊S3，Kudu，或自定义解决方案实现对接。

　　17.Octave

　　Octave是数字计算的高级解释语言。它提供了数据可视化和操纵的线性，非线性问题和图形的解决方案。有许多可用于公共数值线性代数解决问题的工具，寻找非线性方程的根，集成普通功能，操纵多项式，及整合的普通微分和代数微分方程。

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　　18.Tanagra

　　Tanagra是一个用于学术和研究目的的免费数据挖掘软件，它具有探索性数据分析，统计学习，机器学习和数据库等多种数据挖掘方法的功能。支持标准的数据挖掘任务，如：可视化，描述性统计，实例选择，特征选择，功能建设，回归，影响因子分析，聚类，分类和关联规则的学习。

　　19.PredictionIO

　　PredictionIO是一款开源的机器学习服务器，可以让软件开发人员创建个性化，推荐和内容发现等预测功能。通过PredictionIO，预测这种特点的用户行为，提供个性化的视频，新闻，交易，广告，职位，事件，文件，应用程序，餐馆和匹配服务。

　　20.Apache Mahout

　　Apache Mahout提供可扩展的机器学习算法，主要集中在协作过滤，聚类和分类。许多实现使用Apache Hadoop平台，包括成熟的Hadoop MapReduce算法，Scala，Spark和H2O算法。协同过滤：基于用户的协同过滤，基于项目的协同过滤，矩阵分解与ALS，矩阵分解与隐式反馈和加权矩阵分解，SVD + ALS。

　　BI(BusinessIntelligence)即商业智能，越来越多的智能软件供应商推出可视化数据分析工具，应对企业业务人员的大数据分析需求。然而如果你觉得不是数据分析专业、没有挖掘算法基础就无法使用BI工具?NO，自助式分析工具已经让数据产品链条变得大众化。为了更好地帮助读者选择分析工具，重庆IT培训的老师将为大家介绍数说立方、数据观、BDP等11款BI-商业智能产品，排名不分先后!

　　1、数说立方

　　数说立方是数说故事新推出的一款面向数据分析师的在线商业智能产品。最重要的特点是配备百亿级社交数据库，同时支持全网公开数据实时抓取，从数据源端解决分析师难点;另外数说立方搭载了分布式搜索、语义分析、数据可视化三大引擎系统的海量计算平台，实现数据处理“探索式分析”和“秒级响应”的两个核心功能。同时数说立方是数说故事三大主打产品之一，并与其他两大产品数说聚合和数说雷达实现从数据源、数据分析、到数据展示完整的数据解决方案。

　　优点：

　　即便是个人免费版，体验和功能仍然非常好;

　　与自家产品“数说聚合”的无缝接入，支持定向抓取微信、微博等数据;

　　功能完善，集数据处理、特征工程、建模、文本挖掘为一体的机器学习平台;

　　可视化视图展现、友好的客户感知页面;

　　支持SAAS，私有化部署，有权限管理;

　　缺点：

　　产品新上市，操作指导页不太完善;

　　体验过程中有一些小bug;

　　2、数加平台

　　数加是阿里云发布的一站式大数据平台，可以提供数据采集、结构化、加工到展示分析整套的一站式数据服务。 可采集不同系统及物理存储的源头数据，在分布式计算平台上进行数据的深度整合、计算、挖掘，将计算的结果通过可视化的工具进行个性化的数据分析和展现，也可直观的展示分析现有云上业务系统的数据库数据。

　　优点：

　　有完整的产品规划，功能完善;

　　图形展示和客户感知良好;

　　提供SQL查询;

　　缺点：

　　需要捆绑阿里云才能使用，一般用户还不能真正使用起来;

　　部分体验功能一般，有一定的学习成本;

　　3、Tableau

　　Tableau是目前市面上较为成功的BI工具。产品既有针对性，又有普适性。拖放式界面，操作简单。数据兼容性强，适用于多种数据文件与数据库，同时也兼容多平台，windows、mac、Online均可使用。而且重要的一点是免费为用户安排现场培训或按需求进行在线培训。

　　优点：

　　处于行业领导者地位，功能完善;

　　有较好的图形展现与客户感知;

　　新产品开始支持云端展现，但是需要客户端支持;

　　缺点：

　　相比于商业智能BI，更像一个基于数据查询的数据展示工具;

　　处理不规范数据、转化复杂模型比较难;

　　无法处理大量数据;

　　国内网络连接Online版速度较慢;

　　4、Qlik

　　QlikView只需轻轻单击几下，就可以对所有数据源进行合并、搜索、可视化和分析，可在不影响性能的前提下连接到多个数据源;其次视图种类丰富，界面简洁，互动性强，总体来说是一款简单易用的BI产品。Qlik用户可通过各类可视化效果，将Qlik扩展到任何应用程序中。另外用户也可以通过使用标准的和最新的网络API，可将可视化效果数据嵌入网站或应用程序。

　　优点：

　　产品功能完善，图形展现和客户感知良好;

　　支持SAAS，有权限管理功能;

　　缺点：

　　有一定的学习成本;

　　报表规范性要求很高;

　　数据抓取功能都非常弱，需要有非常好的数据仓库作为基础;

　　5、Spotfire

　　Spotfire服务对象是一线工作人员和日常决策人员，其交互界面形象易懂，无需写脚本语言和编写程序就可以对数据进行添加、分离操作。内置搜索引擎，可以随意查找任意信息。支持R、S+等统计、挖掘功能;有丰富、开源的R模型。标记有自身特色，提供了过滤、钻取等功能，多个标记同时还可以实现图形化的集合运算。

　　优点：

　　交互界面形象易懂，即使是普通的业务人员也能轻而易举地进行复杂的数据分析;

　　不一定要建数据仓库，还可以直接从多个异构数据源提取数据进行分析;

　　支持SAAS，有权限管理功能;

　　缺点：

　　SAAS版只支持30M，由于是国外服务器所以上传很慢;

　　不适合中国式的固定报表;

　　进军中国市场较晚，国内案例较少;

　　工具的适应性范围广，但是难易跨度大;

　　6、神策分析

　　神策分析的产品有完整的使用文档，每个模块都有详细的使用说明以及示例，降低了用户的学习成本。而且支持私有部署、任意维度的交叉分析，并帮助客户搭建专属的数据仓库。目前提供事件分析、漏斗分析、留存分析、数据管理等功能，未来预计会增加用户分群、用户人群分析、推送和异常维度组合挖掘等，工具需要付费使用。

　　优点：

　　专注于用户行为数据分析，不追求做大而追求做全;

　　有详细的产品使用文档以及案例;

　　提供SQL查询;

　　缺点：

　　更多的是demo示例，不能开箱即用;

　　纯dashboard展示，并不能对单独一块数据作自定义分析;

　　7、BDP

　　BDP个人版使用免费，只需导入数据，设定分析维度，即可实时得到图表分析结果。产品示例和视频教学很细致，交互页面很友好。每次数据更新，对应的图表也会自动更新，可以免去一些重复分析、制作图表的数据工作。另外，分享环节也很贴心，数据仪表盘可以一键导出，也可直接生成链接分享给他人或分享到微信、微博等社交平台。

　　优点：

　　产品支持移动端;手机同步呈现最新数据

　　用户可以免费使用工具，还有免费公开的数据源;

　　操作体验流畅，界面友好，功能全，总体来说是一款不错的产品;

　　即便是个人免费版，体验和功能仍然非常好;

　　数据可以同步更新，免去了重复劳动的工作;

　　缺点：

　　官网的介绍比较简单;

　　8、永洪BI

　　永洪BI是一款可在前端进行多维分析和报表展现的BI软件。支持拖拽操作，数据源格式多样，提供不同级别的查询支持，支持跨库跨源连接。另外永洪提供了一款数据存储、数据处理的软件——MPP数据集市，可与BI打通，使得数据查询，钻取和展示的速度大幅度提高。不过其产品用户体验一般，拖拽过于自由，导致仪表盘布局不好控制;主题样式虽多但是给人感觉样式还是很传统。

　　优点：

　　商业流程完善，给人专业的感觉;

　　产品定制化的版本效果不错;

　　支持的数据接入较多;

　　缺点：

　　SAAS版体验很差，有一定的学习成本;

　　UI的视觉效果一般，整体可视化效果不够现代化;

　　9、数据观

　　数据观的功能设计理念是极简、无门槛，所以它最大的特点就是简单。数据观数据来自云端，如：百度 网盘、微盘、salesforce等。数据上传后，马上有推荐图表，引导明确。另外产品的使用没有技术门槛，无需专业IT知识，同时适用于非专业分析师出身的业务人员，可以快速将数据转化成直观的图表，适合一开始接触数据分析工具的非专业数据从业人员。

　　优点：

　　注册只需填写邮箱，且支持明道账号登陆;

　　使用引导明确，支持salesforce、百度云数据导入;

　　分析结果支持链接分享，大大降低用户的沟通成本;

　　缺点：

　　不支持超过20MB的数据上传;

　　数据导入后，数据分析体验方面存在bug;

　　产品的使用以点击为主，不支持拖拽操作;

　　10、FineBI

　　FineBI分为数据处理、可视分析和分享公用三大功能模块。支持多种数据源，图表风格清爽美观，可选择任意维度分析。分析页面由控件和组件组成，控件和组件的数量是可以添加至任意多个，但是布局的交互比较僵硬，且使用逻辑有点乱，引导不明确。需要安装本地客户端才能使用。

　　优点：

　　有较为详细的行业案例与技术方案;

　　产品演示和资源中心也较为清晰

　　缺点：

　　需要使用客户端，增加了使用的不便利性

　　只有仪表盘展示，BI报表需要另一款产品;

　　无法处理大量的数据;

　　11、魔镜

　　魔镜支持自动拖拽建模，同时可视化效果库十分酷炫。用户可以邀请团队成员到自己的项目，合作进行探索分析，并且按照需求有效控制访问数据的成员权限。产品模块规划完整，有基础企业版到hadoop等5种选择为，而且可以支持定制化服务。但是可能是云平台版的缘故，使用过程中出现不少BUG，企业版的体验可能会相对好一点。

　　优点：

　　产品模块的规划比较健全，其中包括数据源导入、数据分析、仪表盘、数据挖掘和数据工厂;

　　官网的设计不错，模板选择性大，颜值控可能会喜欢;

　　工具使用指导清晰，使用篇和方法篇等比较详细;

　　缺点：

　　产品存在较多的BUG，UI和功能相对其他产品来说较简陋;

　　部分产品模块并不能切实用于数据分析;

　　选择一款适用的BI产品，能够大大简化数据分析的繁杂工作，提高分析效率与质量。当然，以上每个工具各有优点，工具地址都给大家了，接下来就是轮到你动手的时候了，找一个自己喜欢的工具，开始吧!